Zmiany (względem większego brata) polegają na przeprojektowanej sekcji zasilania, inny jest także lampowy stopień wyjściowy, w którym zamiast lamp 6H30 zastosowano 6922.
Ayon Audio S-3 Junior jest wyposażony nie tylko w moduł odtwarzacza plików, ale również układy przedwzmacniacza i wejścia cyfrowe, dzięki którym może być wykorzystywany jako przetwornik cyfrowo-analogowy. Jak przystało na konstrukcję Ayon, urządzenie pracuje w czystej klasie A, w torze sygnałów audio nie ma żadnych elementów półprzewodnikowych.
